Родился 18 декабря 1967 в селе Старый Быков, Бобровицкого района, Черниговской области в семье сельского учителя и медсестры.
По воспоминаниями одноклассников, "Николай Рудьковский в школе был отличником, но никому не давал списывать, за это... его часто били, ...особенно одноклассницы".
После окончания школы с золотой медалью, поступил в Черниговский государственный педагогический институт имени Тараса Шевченко на исторический факультет. Тем не менее уже через год, не смотря на то, что будущие учителя были освобождены от "почетной обязанности", оказался в рядах советской армии. Так произошло, что будущему гуманитарию-недоучке поручили нести службу не где-нибудь, а в самих Ракетных войсках стратегического назначения.
Мобилизовавшись из армии в апреле 1988 года, уже в феврале 1990 "умудрился", согласно автобиографии, получить красный диплом Черниговского государственного педагогического по специальности "преподаватель истории и обществоведения", а также в этом же году начать и закончить школу бизнеса при МГИМО в Москве.
Через год Рудьковский, сдав экзамен по языку, стал студентом Венского экономического университета на факультете "Торговая наука".
По рассказам самого Рудьковского, убирая снег на улицах Вены, он заработал первые сто долларов, потом перешел работать в ночную смену в хлебопекарне, а уже в скором времени основал в столице Австрии свою первую компанию.
В 2001 году жаждущий знаний будущий министр транспорта умудрився закончить еще и Киевский национальный экономический университет, где получил диплом магистра международной экономики.
Злые языки предъявляют обвинение Рудьковского в том, что он фальсифицировал данные о своем образовании – в частности, диплом об окончании Черниговского пединститута действующий министр транспорта получил в 1996 году, хотя был зачислен туда в 1985 и учился лишь два или три года.
При устройстве на работу в "Укргазпром" в 1997 году Рудьковский подал копию диплома об окончании Русской экономической академии имени Плеханова, где он якобы учился в 1988- 1993 годах, а также Черниговского пединститута, в котором он учился уже якобы "в течение 1993- 1996 лет".
В марте 2000 года Рудьковский как помощник депутата Валентины Семенюк подал в Верховную Раду документы, где указал, что Черниговский пединститут закончил в феврале 1990 года, и прибавил копию диплома с датой его выдачи - май 1996 года. В других случаях, Рудьковский также указывал противоречивые данные.
Но, как выяснили журналисты газеты "Украина молодая", Рудьковский в списках студентов, которые закончили академию в 1993 году, не значится. Более того, утверждается, что его диплом с указанными серией и номером не отвечает установленному в то время образцу и не выдавался вообще. Кроме того, публикация рассказывает, что в свое время в паспорт Рудьковского были внесены фиктивные записи о прописке с 1991 по 1995 года, когда нынешний министр фактически на территории Украины не проживал. И потому в 1998 Черниговский областной суд признал Рудьковского не гражданином Украины, а его паспорт - недействительным. Это, по словам автора, до сих пор не было опротестовано.
Звездный час для Рудьковского наступил в сентябре 1994 года, когда он подал заявление с просьбой принять его на работу в администрацию только что избранного Президента Кучмы - на должность руководителя сектора внешнеэкономической деятельности в управлении экономики. Неудержимый карьерный взлет "молодого и дерзкого" едва ли не прервал тогдашний глава АП Дмитрий Табачник, поставив резолюцию, которой признал Рудьковского непригодным к этой должности. "Поскольку нет высшего образования и опыта (хотя бы формального) государственной службы, стажа согласно закону о государственной службе, могу согласиться лишь на старшего консультанта, если будет согласие Рудьковского М.М." И подпись - Табачник, 26 апреля 1994 года.

Следует указать, что к заявлению с просьбой принятия на работу Рудьковский приобщил собственноручно написанную автобиографию, в которой сознался, что на тот момент не закончил ни одного вуза. Тем не менее, умения писать, хотя и безграмотно, оказалось вполне достаточо, чтобы Рудьковський занял важную государственную должность.
С самого начала своей карьеры Рудьковский проявил неудержимую тягу к заграничным вояжам, за что в апреле 2006 получил выговор от Табачника и был лишен премий. Более всего тогдашнего руководителя аппарата вывела из себя безграмотная докладная Рудьковського на его имя, в которой тот оправдывается за свое отсутствие на работе. Жесткая резолюция тогдашнего начальника Рудьковского: "Это объяснение - для издевательства. Терпение лопнуло. Выговор и без премии и надбавки за месяцы" в скором времени стала завершающим аккордом его карьеры в администрации Кучмы. Как сознался журналистам Табачник, именно он и выгнал Рудьковського с работы.
В сентябре Рудьковский становится директором Украинской государственной кредитно-инвестиционной компании, потом перебирается в кресло члена правления АО "Укргазпром" и в апреле 1999 становится заместителем генерального директора ГК "Торговый дом" НАК "Нафтогаз Украины".
С 1998 года - Рудьковский вступил в ряды Социалистической партии Украины. С ноября 2001 года - первый секретарь Черниговского обкома СПУ. С 2000 по 2002 года – помощник-консультант народного депутата Украины Валентины Семенюк. В 2002 году по избирательному списку СПУ избран народным депутатом, работал в парламентском комитете по вопросам топливно-энергетического комплекса, ядерной политики и ядерной безопасности.
В 2006 году на волне "Помаранчевой революции" становится Черниговским городским главой, тем не менее от должности отказывается, решив остаться депутатом Верховной Рады. Один из самых яростных приверженцев и инициаторов сотрудничества между СПУ и Партией регионов, после "измены Мороза" Николай Рудьковский 4 августа назначается министром транспорта и связи (в правительстве Виктора Януковича).
Николай Николаевич на этой должности запомнился беспрецедентным ростом аварийных ситуаций и несчастных случаев на Укрзализныце, которых только лишь в первом полугодии было 378, чем, по словам Юрия Луценка, "значительно превзошел показатели Сидора Колпака".
Во время пребывания на этой должности был участником ряда скандалов. В частности, публично предъявлял обвинение Секретариату Президента в организации террористических актов, которые привели к авариям на железной дороге.
На данное время открыто проведения дела относительно организации Рудьковским за государственный счет международных чартерных рейсов, в частности в Париж, для личных нужд, что нанесло государству ущерб в сумме около 400 тыс. гривен.
В СМИ также публиковалась информация о том, что дед Рудьковского, Николай Абрамович Приходько, служил во время фашистской оккупации в немецкой полиции на Черниговщине. "То, что написано в статьях о моем деде - за это я просто в морду дам! Даже Сталин говорил: "Дети за родителей не отвечают"", - оправдывался перед журналистами Рудьковский. - "Предъявлять мне претензии за деда - это уже слишком! После того, как пришли советские войска, он пошел в армию, получил медаль и орден, и был расстрелян в 1946 году", - рассказал он о своем деде.
Если верить автобиографии Рудьковского, он владеет тремя иностранными языками.
Состоит в браке и имеет двух дочурок.